燕京啤酒2020中国足协杯第二阶段摇签典礼于10月30日中午在苏州市举办。本环节有8支中甲球队进到，与第一轮晋升的8支中超联赛球队一起开展摇签落位。张德发和黎兵做为特邀嘉宾，为16支球队排序摇签。

依照摇签标准，晋升2020中国足协杯第二阶段比赛的8支中超联赛球队被分成4支種子球队和4支非種子球队。在其中種子球队又分成两种，今年中国足协杯总冠军（或季军）和中超赛程总冠军为第一档小组第一，今年中超赛程第二、三名为第二档小组第一。因中国足协杯卫冕上海绿地上海申花队无法晋升第二轮，由季军山东鲁能泰山队替补。

第一档種子球队：山东省山东鲁能、广州市恒大淘宝

第二档種子球队：北京市中赫国安、上港

中超联赛非種子球队：江苏省苏宁、北京国安、武汉卓尔、天津泰达

报名参加中国足协杯第二阶段比赛的8支中甲球队为2020賽季中甲联赛第二阶段成都市赛区（冲超组）6支球队成都市兴城人居、梅州客家、长春亚泰、泰州远大、浙江省电力能源绿城集团、昆山市FC，及其中甲联赛第二阶段将赛出的梅州市赛区第一名和常州市赛区第一名两只球队。

根据摇签，燕京啤酒2020中国足协杯第二阶段对战以下：

燕京啤酒2020中国足协杯第二阶段比赛方案于11月26日比赛，将仍然采用赛事制与绿蓝系统分区的封闭管理。八分之一总决赛将分成上下半区，下半区广州市恒大淘宝vs昆山市FC、江苏省苏宁vs梅州客家、天津泰达vs中甲联赛梅州市赛区第一、上港vs长春亚泰这4场比赛将于11月26、27日在苏州市赛区开展，下半区北京市中赫国安vs成都市兴城人居、武汉卓尔vs泰州远大、北京国安vs中甲联赛常州市赛区第一、山东省山东鲁能vs浙江省电力能源绿城集团这4场比赛将于11月28、29日在常州市赛区开展，16支球队中的胜利者将进到四分之一总决赛。

从四分之一总决赛刚开始，全部场数均将赶赴苏州市赛区。新赛季中国足协杯除决赛为两连击比赛外，别的各轮比赛均为场均淘汰制，总决赛方案将于12月19日举办。